Di atas infrastruktur fisik tersebut dioperasikan sambungan/hubungan secara logika menggunakan keluarga protokol Internet yaitu TCP/IP. Pada lapisan ini dikenal berbagai teknik yang biasanya hanya di mengerti oleh teknisi Internet seperti masalah routing, domain name system (DNS), e-mail, Web. Bentuknya semua perangkat di lapisan ini adalah perangkat lunak, sebagian sudah ada (built-in) dalam sistem operasi apakah itu mengunakan Windows atau UNIX (seperti Linux & FreeBSD). Biasanya servis TCP/IP yang menjadi dasar dari Internet sudah menjadi bagian dari sistem operasi; yang perlu dilakukan hanyalah men-set servis TCP/IP tersebut supaya bisa beroperasi dengan baik jaringan komputer Internet tersebut. Sebagian lagi merupakan perangkat lunak tambahan di atas sistem operasi yang digunakan, misalnya Squid pada Linux / FreeBSD untuk cache server, Apache pada Linux / FreeBSD. Pada jaringan TCP/IP kita sering mengenal adanya hacker / cracker yang kadang-kadang membobol jaringan komputer yang kita miliki untuk maksud yang kurang baik. Untuk belajar TCP/IP yang paling effektif adalah dari Linux / FreeBSD dengan menginstall software tsb (yang umumnya gratisan), kemudian membaca berbagai dokumentasinya di direktori /usr/doc. Langkah lain yang akan mempercepat proses belajar adalah dengan aktif di mailing list Linux syang daftar-nya dapat dilihat di http://www.linux.or.id/
Pada lapisan infrastruktur Internet ini kita mengenal beberapa servis / jasa yang biasa di berikan kepada masyarakat seperti Internet Servie Provider (ISP) dan yang berbentuk jual kembali akan akses Internet dari ISP adalah Warung Internet (warnet). Servis yang agak kontroversial di tingkat ini adalah Voice over Internet Protocol (VoIP) yang memungkinkan kita melakukan SLJJ & SLI dengan pulsa lokal + Internet saja. Pada hari ini praktis ijin ISP hampir tidak di batasi oleh POSTEL; artinya ijin ISP harusnya bisa di peroleh dengan mudah. Usaha WARNET bahkan praktis tidak memerlukan ijin dari POSTEL mereka cukup berlangganan akses warnet ke ISP yang ada.
Warung Internet (WARNET)
Teknik warnet bisa dilihat di http://www.detik.com/net/kolom-warnet, http://www.bogor.net/idkf/fisik/warung-internet atau aktif berpartisipasi dalam berbagai mailing list seperti asosiasi-warnet@yahoogroups.com. Pada hari ini, jumlah Warnet seluruh Indonesia sekitar 1000+ buah dan mempunyai pangkalan tetapnya di asosiasi-warnet@yahoogroups.com. Jakarta mungkin merupakan konsentrasi tertinggiWarnet dengan jumlah mendekati 400 buah; di susul oleh Bandung & Jogya yang mempunyai konsentrasi 200-an Warnet. Data-data tentang warnet dapat diperoleh di beberapa situs Web seperti http://www.natnit.net & http://warnet.idaman.com. Beberapa servis terobosan mulai dikembangkan di Warnet-warnet misalnya pemberian servis e-mail menggunakan domain war.net.id yang memungkinkan langganan akses e-mail yang hanya Rp. 10-30.000 / bulan / orang jauh lebih murah daripada menggunakan chatting yang seharga Rp. 3-5000 / jam itu. Untuk menerobos biaya Telkom & ISP yang mahal, beberapa warnet terutama di Bandung & Surabaya pada hari ini telah membangun Koperasi WARNET Bandung & Surabaya mereka berpangkalan di warnetsby@idaman.com & awaba@yahoogroups.com. Koperasi ini sedang dalam proses untuk secara bersama-sama menyewa bandwidth ke Internet melalui satelit umumnya untuk kemudian di sebarkan menggunakan teknologi wireless kecepatan tinggi 2-11Mbps ke warnet-warnet yang menjadi anggota koperasi. Kecepatan akses Internet melalui satelit yang akan di sewa adalah antara 1-6Mbps. Melihat effektifitas kerjasama koperasi ini, beberapa teman yang non-warnet misalnya lembaga pendidikan dll pada akhirnya juga akan bergabung dengan model koperasi warnet tsb. Di beberapa kota yang lain selain Bandung & Surabaya yang sudah berhasil jalan, beberapa rekan juga sedang berusaha untuk membangun koperasi warnet tsb. Penggunaan wireless Internet ternyata tidak hanya memungkinkan untuk penyambungan ke warnet-warnet / sekolah tapi juga memungkinkan di kembangkannya warnet mobil yang telah di buktikan oleh PT. WAHID (http://www.wahid.com) yang masih menjadi satu-satunya warnet mobil di Indonesia menggunakan VW Combi kuning-nya yang heboh. Warnet pada dasarnya merupakan proses jual kembali jasa Internet karena memang secara teknologi Internet menggunakan teknologi gotong royong. Dengan adanya kerjasama saling sambung (sambung menyambung) maka jaringan yang besar dapat di bentuk dengan mudah & murah. Biaya akses Internet akan menjadi murah jika di tanggung oleh banyak orang sekaligus. Pada hari ini biaya akses Warnet masih sekitar Rp. 3-5000 / jam; teknologi warnet yang di implementasikan di pusat-pusat massa sebetulnya memungkinkan untuk memperoleh akses Internet yang sangat murah sekali. Sebagai contoh akses Internet (Web, e-mail & chatting) yang dilakukan di Universitas Parahyangan (UNPAR) di Bandung 24 jam / hari bagi setiap orang hanya membebani Rp. 5000-an / mahasiswa / bulan (bukan per jam). IAIN Surabaya juga pada saat ini sedang bergerak untuk memberikan akses e-mail kepada mahasiswanya se harga Rp. 10.000 / semester (6 bulan). SMKN1 Ciamis pada hari ini sudah memberikan akses e-mail Internet bagi siswanya dengan biaya Rp. 1000 / bulan / siswa. Jadi harga betul-betul bisa di mainkan se rendah-rendahnya untuk konsentrasi massa yang cukup besar. Konsep WARNET sebetulnya tidak harus di batasi oleh ruang & dinding warnet, beberapa teman juga mengembangkan konsep warnet menggunakan teknologi yang ada untuk mengkaitkan tetangga-tetangga, kompleks perkantoran, kompleks perumahan, gedung perkantoran, hotel, kampus network dll. Pada akhirnya bukan mustahil kita mengenal RT/RW-Net, office-net, kecamatan-net, hotel-net dll .. pada akhirnya akan membingungkan batasan antara ISP, Warnet, jaringan internet dll. Mari kita lihat beberapa pusat massa yang saya pikir akan sangat potensial. Jika kita lihat kondisi hari ini maka jumlah wartel ada 150.000 wartel dengan potensial anggota Internet melalui wartel 3-6 juta orang; warnet 1000+ & berkembang sangat pesat dengan potensial jumlah anggota 200-400.000 orang; lembaga pendidikan tinggi 1300 buah dengan potensial pengguna 3-5 juta orang bahkan mungkin lebih; sekolah menengah kejuruan (SMK) 4000 sekolah dengan potensi jumlah pengguna 3-4 juta orang dan sekolah menengah umum (SMU) sekitar 10.000 buah dengan potensi jumlah pengguna 5-7 juta orang. Jika kita jumlahkan massa yang berada di pusat konsentrasi massa ini maka angka 20 juta orang Indonesia di Internet bukanlah angka yang mustahil.